כאשר פצצה שהטמין טרוריסט מפוצצת בניין בדאלאס, מוצאים עצמם סוכני ה- FBI מולדר וסקאלי לכודים במזימה קטלנית העולה על כל מזימה שחשפו עד כה. בעזרתו המפוקפקת של רופא פרנואיד מסכנים מולדר וסקאלי את הקריירות שלהם ואף את חייהם כדי לאתר ולחסל וירוס קטלני שיתכן ומוצאו מן החלל החיצון - והוא עלול להרוס את החיים עלי אדמות. במהלך המרדף שלהם אחר האמת עלייהם להתייצב מול אנשיו המסתוריים של סינדיקט כוחני, שמוכנים לנקוט בכל האמצעים הדרושים כדי להגן על סודם. וכך מוצאים עצמם מולדר וסקאלי עוברים מהמערה בטקסס למסדרונות הFBI ולבסוף למתקן סודי באנטארטיקה שטומן בחובו את הסוד הגדול מכולם.